Seperti sekolah pada umumnya, Pondok Pesantren Nurul Bayan juga memiliki Kegiatan Belajar Mengajar atau yang biasa disingkat dengan KBM. Kegiatan Belajar Mengajar (KBM) pada pagi hari sebanyak enam mata pelajaran. Namun yang menjadi keunikannya adalah jam pertamanya bukan seperti sekolah biasa. Jam pertama dimulai dengan shalat dhuha dan kajian kitab kuning yaitu kitab irsyadul ‘ibad. 

Setelah melaksanakan shalat dhuha beserta kajian kitab kuning (irsyadul ‘ibad), kegiatan seluruh santri sebelum masuk kelas adalah muhadatsah atau conversation yaitu latihan bercakap-cakap menggunakan bahasa sesuai dengan bahasa yang digunakan pada pekan itu, kemudian masuk kelas jam kedua dimulai pukul 09:15, jam ketiga pukul 09:55, jam ke empat pukul 10:30 kemudian dilanjutkan dengan istirahat pada pukul 11:15 sampai dengan pukul 11:45. selanjutnya jam kelima dimulai pada pukul 11:45 dan jam terakhir pada pukul 12:30 hingga pukul 13:10.