Pondok Pesantren Nurul Bayan menerapkan Sistem pendidikan Tarbiyatul Mu'allimin Wal Mu'allimat yang disingkat TMI (Tarbiyatul Mu'allimin Al-Islamiyah) untuk santri putra, sedangkan TMaI (Tarbiyatul Mu'allimat Al-Islamiyyah) untuk santri putri.